Zdolność do rozrzedzania krwi uniemożliwia stosowanie oleju rybnego o zmniejszonej krzepliwości, może powodować krwawienie.
Należy również powstrzymać się od jego stosowania, jak każdego innego tłuszczu, w przypadku zaostrzenia zapalenia wątroby, zapalenia pęcherzyka żółciowego, zapalenia trzustki.